AnalYeasts
Présentation
AnalYeasts est un programme permettant de détecter, mesurer et classifier des cellules dans une image sur fond noir.
Le plug-in existe en deux versions, la version automatique et la version manuelle. La version automatique permet d'analyser toutes les images contenues dans un dossier et n'affiche rien à l'écran, contrairement à la version manuelle.
Pour plus d'informations sur l'installation et l'utilisation du plug-in, vous pouvez lire le README disponible dans la partie téléchargement.
Exemples :
Affichage des ellipses détectées et du snake :
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| Fig. 1: Image originale | Fig. 2: Affichage des ellipses | Fig. 3: Affichage du snake |
Détection des bourgeons :
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| Fig. 4: Image originale | Fig. 5: Bourgeon détecté | Fig. 6: Deux cellules détectées |
Les croix vertes indiquent la position des points d'inflexion détectés.
Si l'une des deux cellules est plus petite ou égale à un tier de l'autre,
alors elle est détectée comme cellule fille et le tout est compté comme bourgeon (fig. 5).
Sinon les deux cellules sont comptées comme des cellules seules (fig. 6).
Détection des agregats :
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| Fig. 7: Image originale | Fig. 8: Agregat détecté | Fig. 9: Agregat non identifié |
Dans le cas de la figure 9, si le bouton "Traiter agregats" est enfoncé, la zone encadrée de l'image est ouverte dans une nouvelle fenêtre et peut ainsi être traitée séparément (dans la version automatique d'AnalYeasts, l'agrégat est directement enregistré dans une image à part).
Fichier de sortie
Lors de l'analyse d'une image par AnalYeasts, un fichier texte est créé. Ce fichier texte regroupe les informations suivantes : la classe de la cellule (seule, mère, fille ou agrégat), ses coordonnées dans l'image, sa taille et son inclinaison). Voici un exemple de fichier texte ainsi généré :
Cellule seule Coordonnées du centre: X = 528,396683 , Y = 786,494067 Rayons des axes: Petit axe = 31,000000 Grand axe = 40,231056 Angle d'inclinaision en radian: Theta = 1,250695 Cellule seule Coordonnées du centre: X = 640,676897 , Y = 404,103970 Rayons des axes: Petit axe = 29,265492 Grand axe = 32,241540 Angle d'inclinaision en radian: Theta = -0,940940 Nombre de cellules seules : 2 Nombre de bourgeons : 0 Nombre d'agregats : 0
Téléchargements
Attention, ce plugin ne fonctionne pour l'instant pas sur Windows, uniquement sur Linux. Cela est dû au fait que nous avons rencontré des problèmes lors de la compilation à cause de la librairie meschach. Pour plus d'information, lisez ce comtpe-rendu.